Después de derrotar a Shub-Niggurath regresas a tu base en la Tierra, pero no todo es tan bonito como aparenta. Al parecer, no todas las fuerzas de QUAKE han sido derrotadas. El caos sobreviene a medida que te abres paso a través de sus secuaces. Tu única posibilidad es encontrar la fuente del mal y acabar con ella. Sin vacilaciones, y con más agallas que sentido común, te adentras en un portal hacia un destino desconocido.